Desinfeksi (pencucian/penghapusan hama) adalah salah satu cara membunuh bakteri anthrax yang mencemari lingkungan. Pemberian desinfektan formalin 10 % dilakukan dengan cara penyemprotan terhadap tempat, peralatan dan lokasi seperti kandang dan lingkungannya atau tempat dipeliharanya, tempat isolasi hewan sakit, tersangka atau diduga menderita anthrax minimal setiap 2 minggu sekali. Tempat dimana hewan mati, tanah diatas kuburan dan kendaraan bekas hewan mati diduga anthrax atau keluar masuk lokasi isolasi hewan sakit. Ditempat yang banyak lalat atau serangga lainnya yang dapat menyebarkan penyakit juga perlu dilakukan desinfeksi dengan penyemprotan. Selain itu yang harus disemprot desinfektan adalah peralatan yang digunakan setiap hari untuk menangani hewan sakit atau yang kontak dengan hewan sakit seperti ember, sepatu dan lain-lain. Petugas yang melayani hewan sakit termasuk pakaian yang dikenakan pada saat merawat hewan sakit tersebut. Kemudian hewan-hewan yang berdasar persyaratan dapat dikeluarkan dari daerah tertular, maka sebelum dikeluarkan juga harus disemprot desifektan terlebih dahulu.
Selain disemprot cuci hama bakteri anthrax juga dapat dilakukan perendaman atau pencucian dengan larutan desinfektan formalin 10 % pada empangan atau bak tempat penampungan khusus antara lain tempat keluar masuk kendaraan dan petugas terutama pada kompleks peternakan (breeding farm), kandang isolasi hewan sakit atau pada saat masuk ke kompleks Unit pelayanan.
Pada kasus kejadian penyakit anthrax di Kabupaten Gunungkidul, lokasi kematian ternak maupun penguburan ternak setelah di desinfeksi dengan formalin 10 %, kemudian dilaksanakan survailans uji spora didapatkan hasil negative dilakukan semenisasi untuk mengamankan penyebaran dan kemungkinan penularannya. Untuk wilayah yang hasil uji biakan spora masih positif penyiraman ulang dengan formalin masih terus dilaksanakan agar spora yang ada dilingkungan bisa dimusnahkan, mengingat spora bisa bertahan hidup di dalam tanah selama 40 tahun lamanya. –(RW)