Sesuai dengan Peraturan Bupati Gunungkidul Nomor 40 Tahun 2025 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi, serta Tata Kerja Dinas Daerah, Dinas Pertanian dan Pangan mempunyai tugas melaksanakan urusan pemerintahan dan tugas pembantuan di bidang pertanian dan urusan pemerintahan bidang pangan.
1. Sekretariat
- Sekretariat mempunyai tugas melaksanakan penyusunan rencana kegiatan, perencanaan, monitoring, evaluasi, dan pelaporan, pengelolaan keuangan, kepegawaian, perlengkapan, rumah tangga, perpustakaan, administrasi umum, dan hubungan masyarakat serta memberikan pelayanan administratif dan fungsional. Sekretariat dipimpin oleh seorang Sekretaris yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Dinas.
2. Bidang Tanaman Pangan
- Bidang Tanaman Pangan mempunyai tugas melaksanakan pembinaan peningkatan sarana dan prasarana, produksi dan produktivitas serta perlindungan tanaman pangan. Bidang Tanaman Pangan dipimpin oleh seorang Kepala Bidang yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Dinas.
3. Bidang Perkebunan dan Hortikultura
- Bidang Perkebunan dan Hortikultura mempunyai tugas melaksanakan pembinaan peningkatan sarana dan prasarana, produksi dan produktivitas serta perlindungan tanaman perkebunan dan hortikultura. Bidang Perkebunan dan Hortikultura dipimpin oleh seorang Kepala Bidang yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Dinas.
4. Bidang Peternakan
- Bidang Peternakan mempunyai tugas pembinaan peningkatan produksi dan produktivitas ternak. Bidang Peternakan dipimpin oleh seorang Kepala Bidang yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Dinas.
5. Bidang Kesehatan Hewan
- Bidang Kesehatan Hewan mempunyai tugas melaksanakan pembinaan kesehatan hewan, kesehatan masyarakat veteriner, dan kesejahteraan hewan. Bidang Kesehatan Hewan dipimpin oleh seorang Kepala Bidang yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Dinas.
6. Bidang Ketahanan Pangan
- Bidang Ketahanan Pangan mempunyai tugas melaksanakan pembinaan ketersediaan, distribusi, penganekaragaman konsumsi dan keamanan pangan. Bidang Ketahanan Pangan dipimpin oleh seorang Kepala Bidang yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Dinas.
6. Unit Pelaksana Teknis
- Dinas Pertanian dan Pangan Kabupaten Gunungkidul memiliki 9 (dua) Unit Pelaksana Teknis, yaitu : 1). UPT Balai Benih Pertanian; 2). UPT Taman Teknologi Pertanian Nglanggeran; 3). UPT Laboratorium Kesehatan Hewan; 4). UPT Puskeswan Wonosari; 5). UPT Puskeswan Nglipar; 6). UPT Puskeswan Karangmojo; 7). UPT Puskeswan Semanu; 8). UPT Puskeswan Panggang; dan 9). UPT Puskeswan Playen. UPT sebagaimana disebut diatas, mempunyai tugas melaksanakan sebagian kegiatan teknis operasional dan/atau kegiatan teknis penunjang tertentu. UPT dipimpin oleh seorang Kepala UPT yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Dinas.